En la estructura de la iglesia antes de su reforma a mediados del siglo pasado había un par de pequeñas capillas en sus laterales, hemos escuchado que la de la dolorosa, la del santo sepulcro y al menos un par de nichos mas. Con la ampliación y modernización, se agregaron las naves laterales, que tradicionalmente se llaman de la epístola y del evangelio.
En la nave este, del evangelio a mano izquierda vista de frente se encuentra la capilal del Santísimo, donde se resguarda el viático divino, con una luminaria perenne; del lado contrario es decir en el ala oeste o la nave de la espistola, a mano derecha del altar se encuentra la capilla bautismal, decorada con un fresco de la escena del bautismo del Señor en el río Jordan y la pila bautismal de granito. En los laterales se encuentran los vitrales citados en otra sección, las imagenes que también son reseñadas en otra sección y las representaciones del viacrucis repartidas desde el borde anterior de la nave de la epistola cruzando toda la iglesia de este lado de sur a norte, y del lado contrario de norte a sur para terminar junto a la capilla del Santísimo. Destacan en ambas capillas sus vitrales, un alegórico al alimento del alma y el otro a la venida del Espiritu Santo...
Antiguamente, la arquitectura de las iglesias se orientaba de modo que el altar principal apuntara hacia el este (hacia el sol naciente, simbolizando a Cristo). Desde la perspectiva litúrgica tradicional, el lado norte se consideraba más solemne o noble que el sur. Por esta razón, el Evangelio (la palabra directa y máxima de Jesús) se reservaba para el lado izquierdo o norte, mientras que las Epístolas (las cartas de los apóstoles) se leían en el lado derecho o sur; esta es la razón de llamar a la navesde este modo. En cuanto a la orientación, a pesar de la usanza y tradición en este caso preló la ubicación frente a la plaza mayor, que a medioados del siglo XIX pasó a llamarse plaza de Bolívar.
